Группы якудза построены по принципу жёсткой иерархии и их внутренняя жизнь регулируется различными кодексами поведения. В разговорах якудза пользуются особым жаргоном и в наши дни выдают себя обычно за бизнесменов. С 1993 года отношение властей к якудза стало значительно более жёстким, что было спровоцировано получившим большую огласку инцидентом нападения на кинорежиссёра Дзюдзо Итами членами клана Гото (яп. 後藤組 Гото-гуми?). Теперь даже принадлежность к гуми (банда якудза) уголовно наказуема, что всё больше вынуждает современных якудза к переходу на нелегальное положение. Вследствие этого обострились отношения якудза с полицией (эти отношения в силу истории формирования феномена якудза не всегда были плохими) и упал их общественный авторитет.
Центральной фигурой в иерархии якудза является оябун (親分, букв. «шеф»), который примерно соответствует русскому вору в законе. Иногда в качестве синонима для оябуна используется обращение кумитё (букв. «старший начальник»).
Банды якудза, как правило, состоят из старших бригадиров сятэй («младшие братья»), младших бригадиров вакасю («юнцы») и простых якудза.
Современные якудза расширили круг своих интересов до влияния на финансовые рынки и политическую коррупцию. Они пытаются также оказывать влияние на политические выборы, при этом кандидаты поддерживаются денежно или через «услуги», с расчётом на послевыборный шантаж. Наряду с этим якудза занимаются также традиционными для мафии видами деятельности — наркоторговлей, контролем за проституцией, торговлей людьми, незаконным игорным бизнесом, патинко, «крышеванием» (что, например, скрывается многими ресторанами под статьёй расходов на стирку салфеток). Одной из наиболее прибыльных традиционных сфер бизнес-деятельности якудза считаются операции с недвижимостью и строительство. Также достаточно популярен шантаж топ-менеджмента корпораций компрометирующей коммерческой информацией либо угрозы, связанные со срывом собраний акционеров или манипуляциями курсом акций. Занимаются этим так называемые «сокайя», корпоративные шантажисты.
Штаб-квартиры кланов якудза, украшенные неоновыми эмблемами, размещаются в престижных бизнес-кварталах японских городов, полиция обычно не вмешивается в их деятельность. Согласно неписанным правилам якудза, обвиняемый в совершённом преступлении отдельный член бандформирования принимает на себя личную ответственность за совершённое и тем самым не даёт юридического повода обвинить своих руководителей в преступной деятельности. Сложная взаимосвязь якудза, правительственных чиновников и полиции позволяет якудза чувствовать себя уверенно. Члены группировок имеют характерные, нашиваемые на одежду, фирменные эмблемы, которые открыто демонстрируют.
Якудза уже в течение столетий используют обширные татуировки как знак принадлежности к какой-либо группе, а также чтобы обозначить своё положение в группе. Кроме того, при вступлении в якудза крестьяне и ремесленники получали новые, воинственно звучащие имена, такие как Тигр и журавль, Девять драконов, Ревущая буря и т. д., которые затем наносились в виде картин на спину или грудь. Всё это часто дополнялось художественными излишествами и нередко узорами покрывалось всё тело вплоть до головы, кистей рук и ступней, а также область гениталий. И до наших дней татуировки ассоциируются в Японии с якудза, притом людям с татуировками зачастую запрещён вход в места общественного купания. На самом же деле татуированный якудза давно превратился в штамп общественного сознания, имеющий мало общего с реальностью, ибо после официального запрета якудза никто из них не старается привлечь внимание окружающих.
В случае совершения якудза ошибки, приведшей к «потере лица», он обязан её искупить, при этом он отрубает себе фалангу пальца с помощью танто и молотка. Как правило, начинают с первой фаланги мизинца левой руки. Этот ритуал берёт своё начало ещё с тех времён, когда меч был жизненно необходим. С каждой потерянной фалангой владение мечом становилось хуже, и так до тех пор, пока, наконец, управляться с мечом становилось совершенно невозможно. У старых якудза часто отсутствуют некоторые фаланги пальцев, что они скрывают с помощью протезов, чтобы не выдавать свою принадлежность к уголовному миру.
Значительно более радикальным видом расплаты является сэппуку, ритуальное самоубийство путём вспарывания живота. Было популярно в среде самураев и солдат как наказание за проступки, иногда его совершали также и якудза.
